医院已建设省、市级科研平台18个,其中3个省级平台,15个市级科研平台。6个科研所获批厦门大学院级科研平台获批成立临床医学研究院。医院于2006年设立福建省地市级医院首家博士后工作站,已培养博士后44人,另有在站博士后18人,连续两届获评“国家博士后优秀工作站”。已在国家局备案21个药物临床试验专业、26个器械临床试验专业。2010年-2020年,共获各级课题653项,其中国家自然科学基金121项,国科金立项总数位居厦门市医疗机构首位,“抗肿瘤新药临床评价技术示范性平台”获国家科技重大专项课题立项,是省医疗机构首次获得的国家科技重大专项课题。2010年-2020年,获省部级、市级科技进步奖44项,其中获市科技进步一等奖5项。2014年-2020年SCI论文数连续7年突破100篇,2020年SCI论文数首次突破200篇,单篇影响因子最高22.673。